sejak awal berdirinya PPNS di mana pada tahun 1987 berdirilah Politeknik Perkapalan FNGT-ITS yang berada di bawah Fakultas Non Gelar Teknologi (FNGT) ITS dengan direktur saat itu adalah Ir. Soegiono (Prof Ir. Soegiono). Pada saat itu Politeknik Perkapalan mempunyai 3 (tiga) departemen atau jurusan, yaitu [1] Jurusan Teknik Bangunan Kapal yang terdiri 2 (dua) program studi yaitu Teknik Perencanaan & Konstruksi Kapal dan Teknik Bangunan Kapal, [2] Jurusan Teknik Permesinan Kapal, dan [3] Jurusan Teknik Kelistrikan Kapal. Pada tahun itu pula (1987) sampai 1998 selama kurang lebih 11 tahun, Politeknik Perkapalan mendapatkan hibah dari pemerintah Jerman Barat melalui Gessellschaft fur Technische Zusammenarbeit (GTZ) yang dialokasikan untuk [1] pengembangan sumber daya manusia (SDM), [2] pengembengan peralatan laboratorium dan [3] technical assistance.
Pada tahun 1991 Politeknik Perkapalan FNGT-ITS berubah menjadi Politeknik Perkapalan Surabaya melalui keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0313/O/1991 tentang Penataan Politeknik Dalam Lingkungan Universitas dan Institut Negeri. Pada tahun 1995 Politeknik Perkapalan Surabaya diubah menjadi Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya (PPNS) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Negera Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor B-703/1/1995, dan tetap di dalam naungan ITS.
Kemandirian PPNS sebagai sebuah perguruan tinggi langsung di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI (lepas dari ITS) dimulai pada tahun 2014. Pada tahun 2014 tersebut keluar 2 (dua) peraturan menteri, yaitu Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 6 tahun 2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya dan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 42 tahun 2014 tentang Statuta Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya.
